Είναι από τα ιστορικότερα μοναστήρια της Στερεάς Ελλάδας, η Παναγία Βαρνάκοβα που στέκει στην κορυφή ενός λόφου στα Βαρδούσια, στο νοτιοδυτικό άκρο της Φωκίδας από το 1047. Εδώ υψώθηκε η σημαία της Επανάστασης του 1821, τρεις μέρες μετά την Αγία Λαύρα και σήμανε την έναρξη του Αγώνα στη Ρούμελη.
Ανάμεσα στα κειμήλια που φιλοξενούνται στο μοναστήρι, υπάρχει η εικόνα της Παναγίας Βαρνάκοβας, που χρονολογείται από κτίσεως του ναού. Σύμφωνα με την παράδοση, το εμφανές ράγισμα κατά μήκος του προσώπου που φέρει η εικόνα δημιουργήθηκε από τοπικό σεισμό που συνέβη στις 15 Αυγούστου 1940, την ώρα του τορπιλισμού της «Έλλης» στην Τήνο.
Ο μοναχός Όσιος Αρσένιος ο Βαρνακοβίτης ήταν ο ιδρυτής του μοναστηριού της Παναγίας Βαρνάκοβας, ενώ αργότερα η Μονή τέθηκε υπό την προστασία της Δυναστείας των Κομνηνών: τουλάχιστον δύο Κομνηνοί Αυτοκράτορες, ο Αλέξιος και ο Εμμανουήλ έχουν ταφεί στα όρια του μοναστηριού, ενώ προηγουμένως είχαν μονάσει. Στη συνέχεια, η Παναγία Βαρνάκοβα έγινε δέκτης της εύνοιας της Δυναστείας των Παλαιολόγων, ως τα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Την περίοδο εκείνη έγινε συχνά αντικείμενο διενέξεων μεταξύ των Τούρκων και των Ενετών, που κατείχαν τη γειτονική Ναύπακτο, ενώ καταστράφηκε και πυρπολήθηκε κάμποσες φορές.
Κατά την Ελληνική Επανάσταση και την προετοιμασία της, η Παναγία Βαρνάκοβαήταν το ορμητήριο και το καταφύγιο πολλών αγωνιστών. Το 1826, λίγο μετά την Έξοδο του Μεσολογγίου, 4.000 Τούρκοι υπό τον Κιουταχή την πολιόρκησαν. Οι μοναχοί πολέμησαν μαζί με τους ηρωικούς αγωνιστές του ’21 και πριν οι Τούρκοι τους τινάξουν στον αέρα επιχείρησαν ηρωική έξοδο. Στις 26 Μαΐου του 1826 η Παναγία Βαρνάκοβα ανατινάχθηκε και καταστράφηκε. Λίγα χρόνια μετά, το 1831, με προσωπική επίβλεψη του Ιωάννη Καποδίστρια, το μοναστήρι ξαναχτίζεται και επαναλειτουργεί.
Το μοναστήρι της Παναγίας Βαρνάκοβας λειτουργεί έκτοτε αδιάκοπα, έως το 1984 που ερημώνεται. Την δεκαετία του 1990 γυναίκες μοναχές έρχονται εδώ και ξαναδίνουν ζωή στο ιστορικό μοναστήρι, που μετρά σήμερα σχεδόν 1.000 χρόνια ζωής.
